Az 1686. évi ostrom után rögtön Budára érkező ferences szerzetesek vették birtokba a Mária Magdolnáról nevezett középkori templom romjait és az azzal szomszédos négy egykori magántelket az Úri utca és az Országház utca között. Ezen a területen építették fel 1741-re kolostorukat. Az egyemeletes, zárt négyzet alakú udvart körbezáró kolostor északon a templomhoz csatlakozott, s az egész komplexumot kőfal vette körül.

1786-ban - miután II. József a ferences rendet is feloszlatta - a rendház épületében az ún. provinciális táblát (a telekkönyvi hivatal őse) és az ország levéltárát helyezte el. Ekkor kisebb átalakításokat is végeztek az épületen. II. József halála után a provinciális tábla megszűnt, s a volt kolostorba a budai főhadparancsnokság költözött. Itt voltak vizsgálati fogságban 1795-ben a Martinovics Ignác által szervezett ún. magyar jakobinus összeesküvés vádlottjai, köztük a magyar nyelvújítás vezéralakja, Kazinczy Ferenc is. (Közülük hetet a vár alatti Generális kaszálón - a mai Vérmezőn - lefejeztek.) 1795-től a rendi Magyarország fő közigazgatási szervének, a Helytartótanácsnak a hivatalai működtek benne. A polgári államszervezet megszületésével 1848-ban a Helytartótanács helyébe lépő minisztériumok örökölték az épületeket is. A neoabszolutizmus idején (1849-1867) is a magyarországi közigazgatás központjaként használt épület az 1867-es kiegyezés után a Belügyminisztériumé lett. Mivel az egyemeletes egykori kolostor hamarosan szűknek bizonyult, az Országház utcai szárnyat lebontották, s helyén (Kauser és Frey tervei szerint) 1870-1872 között háromemeletes épületet emeltek. A második világháborúban megsérült épületet 1950-ben helyreállították, s ekkor szüntették meg - bontással - az összeköttetést a rendház és a templom között, megnyitva így egy keskeny közt. Az egykori kolostor, majd a magyarországi közigazgatás központja ma a tudomány szolgálatában áll: a Magyar Tudományos Akadémia Történettudományi, Néprajzi, valamint Állam- és Jogtudományi Intézete működik benne.

A nyolctengelyes Úri utcai homlokzatot egytagú főpárkány zárja, a földszinten és az emeleten egyszerű szalagkeretes barokk ablakok nyílnak. A templommal párhuzamos kereszthomlokzat szintén nyolctengelyes, az utcaival azonos kialakítású, eredeti barokk asztalosmunkájú és vasalású ablakszerkezetekkel. A földszintet végig dongaboltozatok fedik. Az udvari keresztszárny földszintjén található a kolostor egykori refektóriuma. A hatablakos, dongaboltozatos, barokk stukkódíszítéses helyiségben folyt egykor a Martinovics-per vádlottjainak kihallgatása. Az emlékükre elnevezett Jakobinus terem ma kisebb tudományos rendezvényeknek ad helyet.