Mohács után - Buda elfoglalása előtt
1541 - fontos dátum a magyar történelemben, amely mindenekelőtt Buda török elfoglalásának és az ország három részre szakadásának évszámaként él a köztudatban. Kevésbé ismert azonban, hogy a magyar királyi székhelyet a szultáni hadak korábban már kétszer elfoglalták. Először 1526. szeptember 11-12-én, alig két héttel a mohácsi csata után vonultak be a török csapatok - minden ellenállás nélkül - a fővárosba, ahonnan a királyi, illetve akkor már csak királynői udvar és a lakosság döntő többsége korábban elmenekült. I. Szulejmán szultán ezután rövid időt töltött a királyi palotában és a nyéki királyi vadászkastélyban, majd miután a palotát és a várost kifosztotta, és az utóbbit fel is gyújtatta, szeptember 25-én csapataival visszaindult birodalma felé. Buda ezután az ország megszerzésére törő két fél, Szapolyai János és Habsburg Ferdinánd közötti egyik fő ütközőponttá vált. Elérkezett a magyar főváros középkori történetének utolsó, egyben legzaklatottabb, legnehezebb negyed évszázada...
1526. november 1-jén Szapolyai János erdélyi vajda vonult be üszkös falai közé. Szapolyait röviddel ezután, november 10-én Székesfehérvárott királlyá választották, majd 11-én I. Jánosként (1526-1540) megkoronázták. A város és a palota azonban olyan leromlott állapotban volt, hogy az új király a telet inkább Esztergomban töltötte. Vele szemben ugyanez év december 17-én a pozsonyi országgyűlésen Habsburg Ferdinánd cseh királyt, II. Lajos király özvegyének, Habsburg Máriának fivérét választották királlyá. Az újonnan megválasztott, de még koronázatlan uralkodó hatalma rohamosan erősödött. I. János 1527 márciusában ugyan még országgyűlést is tartott Budán, azonban a fővárost már augusztusban harc nélkül kénytelen volt átengedni Ferdinándnak, aki augusztus 20-án vonult be. Ezúttal október 3-ára Ferdinánd hívott össze országgyűlést a magyar székvárosba, ahol királlyá koronázásáról döntöttek. Ferdinánd koronázása végül november 3-án történt meg Székesfehérvárott (uralkodott: 1527-1564 között). Ferdinánd 1528 februárjában még egy országgyűlést tartott Budán, azonban röviddel később, 1528 márciusában - maga helyett helytartót visszahagyva - távozott a magyar fővárosból, majd az országból.
Ferdinánd fennhatósága a magyar királyi székhely felett nem tartott sokáig. 1529. szeptemberében a Bécs ellen induló Szulejmán szultán csapatai öt nap alatt (szeptember 3-8. között) elfoglalták. Ez volt Buda történetében az első alkalom, amikor falait ágyúkkal lőtték! A törökök az általuk elfoglalt fővárost ekkor sem tartották meg, hanem szeptember 14-én átadták a szövetségesüknek és vazallusuknak tartott I. János részére. Bécs alól visszatérve is csak addig időztek Budán, amíg az itt vert hajóhídon átkeltek a Dunán, s egy mindössze háromezer fős, János támogatására rendelt alakulat hátrahagyásával október 25-én távoztak.
Ferdinánd már 1530 őszén megkísérelte visszafoglalni a fővárost. Az október 31-én indult ostrom, amelyet Wilhelm Roggendorff tábornok vezetett, december 20-án eredménytelenül ért véget. A vár (a királyi palotát ekkor már többnyire így nevezték) és a város kitartott, pedig addigi történetének leghosszabb és legkeményebb ostromát kellett elszenvednie. Az ostromlók teljesen körülzárták, a várfalakat ismét ágyúkkal törették (egyes falszakaszok le is omlottak!) majd többször megrohamozták, s közben a blokád miatt a védők között éhínség tört ki.
Az ostrom után Budára még egy évtizednyi viszonylag békés időszak várt, bár szinte állandó volt a fenyegetettség. Ezt az időszakot János király a várfalak kijavítására, új védművek, bástyák építésére használta fel. Ekkor épült ki a királyi palota látványát délről máig meghatározó Rondella, az északkeleti részen álló Erdélyi bástya, valamint a nyugati és az északi oldal - később átépített - több bástyája is. János király azonban tárgyalásokkal is igyekezett helyzetét megszilárdítani Ferdinánddal szemben; végül a két fél 1538-ban Váradon békét kötött. Eszerint Szapolyai halála után országrészét és Budát Ferdinándnak kellett átadni. I. János 1540 júliusában Erdélyben meghalt, azonban Budán maradt Izabella királynő és a csak néhány nappal korábban született gyermeke, János Zsigmond is. A gyermeket a pesti Rákos mezőn összegyűlt rendek a Szapolyai-párt és különösen Fráter György nyomására szeptember 13-án királlyá választották, ami gyakorlatilag a váradi egyezmény megsértését jelentette. Ferdinánd a helyzet megoldására és Buda elfoglalására már októberben hadjáratot indított. A Fels Lénárd vezette, inkább csak ímmel-ámmal folytatott ostrom november 21-én - a tíz évvel korábbihoz hasonlóan - eredménytelenül ért véget. A csorbát kiköszörülendő 1541. május 4-én újabb ostrom indult a főváros elfoglalására, melyet ezúttal ismét Roggendorff vezetett. A szultán ekkor hadjáratot indított az ostromzár alatt szorongatott - általa egyébként királynak elismert - csecsemő János Zsigmond és Izabella királyné megsegítésére.
A "felmentő akció" sikerült, a védők és a felvonuló török seregek közé szorult ostromlókat augusztus 22-én tönkreverték, de ez egyben a középkori Buda végét is jelentette. A szultán nem hagyhatta, hogy e kulcsfontosságú város a bizonytalan helyzetű "csecsemőkirály" és anyja, illetve gyámjai kezén maradjon. 1541. augusztus 29-én, miközben a magyar főurak a gyermek János Zsigmonddal tisztelgő látogatást tettek a szultán táborában, a városba beszivárgó, "nézelődő" török egységek adott jelre elfoglalták a városkapukat és a kulcspontokat. Maga a szultán csak szeptember 2-án vonult be a meghódított városba, ahol a közben dzsámivá átalakított (praktikusan: keresztény díszítésétől megszabadított) Nagyboldogasszony-, azaz Mátyás-templomban hálaadó ünnepi istentiszteleten vett részt. Mivel Izabella királyné és gyermeke, illetve udvartartása még a palotában volt, a szultán ekkor a Werbőczy-palotában szállt meg, mely a mai Színház utcában, a Várszínház környékén állt. Három nap múlva, szeptember 5-én a királyné és gyermeke kíséretével együtt elindult Erdély felé. Ezzel Budának, a középkori magyar királyi székhelynek egész korszaka zárult le. 145 évre török uralom alá került. Szulejmán szultán csak szeptember 22-ig maradt a városban, mielőtt elhagyta volna, névrokonát, Szulejmán pasát nevezte ki beglerbégnek, azaz az új budai tartomány (vilajet) helytartójának.