Visszafoglalási kísérletek a tizenötéves háború alatt
A Buda visszavívására indított 1542-es eredménytelen hadjárat után a következő kísérletre csak több mint fél évszázad múltán, 1598-ban került sor. A több tízezres német-magyar-lengyel (kozák) ostromló sereget Mátyás főherceg vezette, de alvezérei között ott találjuk a magyar Pálffy Miklóst és Nádasdy Tamást, valamint a lengyel Stadniczkyt is. Az október 3. és november 3. között lezajlott ostrom kezdetben eredményesnek tűnt, mert hamar sikerült elfoglalni a fallal kerített külvárost, a mai Vízivárosnak megfelelő területet. A folytatás azonban - nem utolsó sorban a közben beállt őszi esőzések következtében - teljesen eredménytelenül végződött, s az ostromló csapatokat anélkül kellett visszavonni, hogy a Várhegyen lévő városban, illetve várban érdemi kárt tudtak volna tenni. Ezt követően, 1599-ben kétszer is feltűntek portyázó császári csapatok Buda környékén, azonban ostromot ekkor nem indítottak. Az egyik, Pálffy Miklós katonáiból álló csapatnak viszont sikerült elfognia a városból terepszemlére kilovagolt budai pasát, Szulejmánt.
A következő ostromra csak három év múlva, 1602-ben került sor Russwurm Hermann Kristóf tábornok vezetésével. Buda körülzárása ezúttal is viszonylag későn, szeptember 29-én kezdődött, de az ostrom kezdetben bíztatóan alakult. Szinte első lendületből sikerült ismét elfoglalni a külvárost, sőt rövidesen a túlparton Pestet is. A lendület azonban nem tartott sokáig, és sajátos patthelyzet alakult ki, mert Pestet hamarosan török hadak vették körül Jemisdzsi Haszan nagyvezér parancsnoksága alatt. A Pestet ostromló török sereg ugyan november 2-án elvonult, azonban még ezelőtt sikerült a Dunán erősítést áthajózniuk budai társaiknak. 
Mindeközben a Budát ostromló császári tábor is kapott erősítést Mátyás főherceg vezetésével, aki a főparancsnokságot is átvette. Bár az ostrom módszeresen folyt - különösen erősen ágyúzták a város északi védőműveit, és több rohamot is intéztek a falak ellen - a védők kitartása és a lezúduló őszi esők ismét elvették a császáriak kedvét az ostrom folytatásától, s november 18-án elvonultak a falak alól. Pest azonban továbbra is császári fennhatóság alatt maradt. Ez is arra sarkallta a császári hadvezetést, hogy a következő évben újra megkísérelje Buda visszavételét.
Az újra Russwurm vezette hadak azonban ismét csak későn, 1603. szeptember végén vonultak fel az ostromhoz. A budai helyőrség ezúttal már jó előre felkészült a védelemre, s közben felvonultak a török mezei hadak is. Bár a császáriak keményen visszaverték a török mezei hadak ellenük indított támadását (ezek november 5-én el is vonultak), az ostrom mégis teljesen eredménytelen volt, s Russwurm a tél közeledte miatt az elvonulás mellett döntött.
A visszavonulás után Buda mohamedán helyőrsége több mint nyolcvan évre mentesült a keresztény seregek ostromától. A városban ez idő alatt zavartalanul folyhatott a török intézményrendszer működése, s a védelmi rendszer állandó fejlesztése.
