A Kapisztrán tér legrégibb épülete a késő gótikus stílusban épült Magdolna-torony, mára az egyetlen középkori torony Budán, amely viszonylagos épségben és eredetiségében vészelte át az évszázadok során az ostromok okozta sorozatos rombolásokat, az azokat követő bontásokat és újjáépítéseket. Eredeti formájában a város középkori magyar közössége építette fel a 15. század végén a Mária Magdolna-plébániatemplom három hajós épületének nyugati homlokzatán.

Az egyházközséget a 13. század közepén, közvetlenül a város alapítását követő időben alapították, amely ekkor még a Boldogasszony-plébánia (Mátyás-templom) kápolnájának számított. Az első templom a régészeti ásatások tanúsága szerint kicsiny, egyenes szentélyzáródású, egyhajós épület volt. A 14-15. század fordulóján a magyar polgárság számbeli és anyagi növekedésével párhuzamosan elnyerte egyházközsége számára az önálló plébánia rangját, és elkezdte templomának nagyszabású újjáépítését. A munkálatok a 15. század végére zárultak le, ekkorra épült fel teljesen a hat boltszakaszból álló háromhajós, nyújtott szentéllyel rendelkező késő gótikus épület nyugati homlokzatának tengelyében az öt emeletes toronnyal. A hajó belső terének bazilikális elrendezése és méretei ma is jól megfigyelhetők a torony templom felőli oldalán. A török időkben itt működött a Vár egyetlen keresztény temploma, amelyet megosztva használtak katolikusok és protestánsok. A tizenötéves háború (1591-1606) idején elvették a keresztényektől az épületet és ezután, mint muzulmán imahely Fetih (Győzelem), illetve Szaát (Órás) dzsámiként volt ismert.

A város visszafoglalását eredményező ostromban (1686) a templom súlyos károkat szenvedett, egyedül a torony maradt használható állapotban. A romokat az újonnan betelepült keresztény lakosok a ferencesek egykori Evangélista Szent János egyházával azonosították, és a ferences rend mariánus tartománya kapta meg, majd építette újjá. A gótikus maradványok lebontása után új, barokk stílusú templomot, mellé kolostorépületet emeltek, a középkori tornyot barokk formában helyreállították. A ferences kolostor rövid életének II. József rendelete vetett végett, aki 1787-ben a rendházat és a templomot bezáratta, gazdag belső berendezését elszállíttatta. 1792-ben a használaton kívüli templomban koronázták meg I. Ferencet magyar királlyá, de ezután még évekig üresen állt az épület. Végül 1817-ben a budai helyőrség kapta meg istentiszteleti célokra, innen származik ma is használatos elnevezése, a Helyőrségi templom. A használatba vétel idejéből származik a torony jelenlegi jellegzetes süvege és a toronyaljban látható keresztelőkút. A 19. század végén a Koronázó Főtemplom (Mátyás-templom) átépítése alatt itt működött a plébánia, és az ott feleslegessé vált barokk berendezés jelentős részét is ide hozták át. 1920-tól a római katolikus tábori püspökség temploma lett, védőszentje azóta Kapisztrán Szent János.

1945-ben, Budapest ostrománál az épület súlyosan megrongálódott. A hajó és a szentély boltozatai beszakadtak, a torony negyedik emeletét belövés lyukasztotta át. A romok alatt maradtak a templomi berendezések és oltárok, a legtöbb tárgy elpusztult. Bár az ostrom után közvetlenül megkezdődött a templom újjáépítése, a változó politikai helyzet azonban már nem tette lehetővé a teljes helyreállítást. A tábori püspökség megszüntetésével a templom fenntartó nélkül maradt, az épület sorsát pedig kedvezőtlenül befolyásolta a Magyar Királyi Honvédséghez kötődő múltja. Sajnos a műemlékvédelem szempontjait csak a gótikus torony esetében sikerült érvényre juttatni. A komoly sérüléseket szenvedett torony helyreállítása 1950-ben megkezdődött, ezzel egy időben a templom épületét szakaszonként lebontották.

A torony belsejébe az Úri utcából ma is a templom hajdani főbejáratát képező, copf stílusú előcsarnokon át léphetünk, amely I. Ferenc koronázása alkalmából készült. Az előcsarnokból gazdagon tagozott, magas, késő gótikus kapun keresztül néhány lépcső vezet a mélyebben fekvő toronyaljba, amelyet csillagboltozat fed. Innen két oldalt kisebb ajtók nyílnak a rekonstruált oldalkápolnákba, üvegfal zárja el az egykori templomteret, a mai romkertet, egy kisebb ajtón keresztül pedig az emeletekre juthatunk fel a helyreállított csigalépcsőtornyon keresztül. Az első emelet szolgált egykor a gótikus templom karzatául, ahol ma harangjátékot helyeztek el. A torony zömök alsó része háromszintes, négyzetes alaprajzú, erre épült fel a nyolcszögletes, kétszintes és minden oldalán nagyméretű ablakokkal áttört felső rész. Megmászva a lépcsőket a legfelső emeletről páratlan körpanoráma élvezhető. (A Magdolna-torony csoportok számára, előzetes bejelentkezés után látogatható. Kulcsát az I. kerületi Városháza épületében őrzik.)