Az 1848-as forradalom és az 1849-es ostrom
A vár az 1848. március 15-i polgári forradalom eseményeinek egyik fontos helyszínévé vált, bár nem saját polgárainak köszönhetően. A polgári szabadságjogokat és nemzeti önrendelkezést követelő tömeg ugyanis Pestről - ahol a tüntetés kezdődött - átvonult a kormányzati negyedbe. A Helytartótanácsot akarták rábírni két, azonnal teljesíthető követelés teljesítésére: a sajtócenzúra eltörlésére és a politikai foglyok szabadon bocsátására. Miután a megrettent kormányszerv beleegyezett a kívánságokba, a fegyvertelen tömeg diadalmenetben távozott a várból, s magával vitte a József kaszárnya egyetlen politikai foglyát, a lázító könyveiért bebörtönzött Táncsics Mihályt.
A forradalom véráldozat nélkül győzött, a polgári társadalmi berendezkedés, illetve a nemzeti önrendelkezés követelései teljesültek. Magyarországon polgári parlamentáris berendezkedés jött létre. A vár az új rendszerben is megőrizte kormányzati központ jellegét. A Helytartótanács, illetve a Királyi Kamara helyére minisztériumok költöztek, amelyeket a 19. századi Magyarország legjelentősebb államférfiai vezettek. A várban működött Kossuth Lajos pénzügy-, Deák Ferenc igazságügy- és Eötvös József vallás- és közoktatásügyi minisztériuma.
Az elért eredményeket azonban 1848 őszétől fegyverrel kellett megvédeni az azokat csorbítani akaró bécsi udvarral szemben. A háború váltakozó szerencsével folyt. Eleinte egyértelműen a császári seregek voltak fölényben: 1849 első napjaiban a fővárost is elhagyni kényszerült a magyar kormány és a parlament. Budán is császári seregek rendezkedtek be.
A hadiszerencse fordultával, 1849 májusában a sikeres magyar offenzíva lehetővé tette, hogy Budát visszafoglalják. A kelet felől előrenyomuló honvédsereg közeledtére a bekerítéstől tartó császári csapatok április végén kiürítették Pestet. Budán azonban a hátrahagyott várőrség - Heinrich Hentzi tábornok parancsnoksága alatt - berendezkedett a vár végsőkig való védelmére, a lakosságot pedig felszólították, hogy lássa el magát nagyobb mennyiségű élelmiszerrel a várható ostromra.
A katonai szempontból nem jelentős erőd visszafoglalását inkább politikai indokok motiválták, mint katonaiak. A kormányzat a független magyar állam európai elismerésének előfeltételét látta abban, hogy az fővárosa visszaszerzésével bizonyítsa erejét. Katonai érvek is szóltak az üldözés félbeszakítása mellett (utánpótlási nehézségek, a tisztikar egy részével az osztrák határon várható konfliktus). Egyébként is csak a hadművelet pár napos megszakításaként értékelték a budai kitérőt, mert általános volt a meggyőződés, hogy a vár tarthatatlan, annak katonai értéke a tüzérség korabeli szintje mellett már nincs. Ebből kiindulva nagy kaliberű ostromágyúkat nem is vittek magukkal.
A megérkezés után kiderült, hogy az elmúlt hónapokban a várat a lehetőségek határáig megerősítették, feltöltötték hadi- és élelmiszerekkel, parancsnoka, Hentzi vezérőrnagy pedig elszántan védeni akarja azt 4700 fős, olasz, horvát, lengyel legénységével. Az ép várat megrohamozni kilátástalan vállalkozás lett volna, így a környező hegyekről megkezdték a rendszeres ostromot. Május 16-ig, míg Komáromból meg nem érkeztek a nehéz ostromágyúk, inkább csak a védők kifárasztására törekedtek folyamatos ágyúzással, éjszakai áltámadásokkal és egyes várbeli épületek felgyújtásával (a királyi palota nagy része is a tűz martaléka lett).
Hentzi tábornok az ostrom alatt az ágyúival több ízben lövette a szemközti Pestet. Ezt semmilyen közvetlen katonai érdek nem magyarázta, csak az elvakult bosszúvágy, hiszen a testvérvárosban - éppen azért, hogy ne tegyék ki támadásnak - nem tartózkodott magyar katonaság. A súlyosan sérült épületek közt ott voltak Pest büszkeségei, a Duna-sor klasszicista palotái, köztük az országgyűlésnek 1848-ban helyet adó, teljesen romba dőlt Vigadó. Hogy a három támadásnak "csak" 70 halálos áldozata volt, annak köszönhető, hogy a belső kerületek lakossága az ágyúk lőtávolságán kívülre, a Városligetbe vagy a környező falvakba menekült.
Május 16-án a Naphegyen elhelyezett nehézlövegek elkezdtek rést törni a várfalon a Fehérvári kaputól délre. Miután a rés már járhatónak tűnt, 21-én hajnali 3-kor minden oldalról megindult az általános roham. A védők kétségbeesett védekezése ellenére a honvédsereg megállíthatatlannak bizonyult: 7 órakor már valamennyi bástyán magyar zászló lengett. A magyar sereg nem váltotta be Görgey fenyegetését: Pest bombázása ellenére nem hányta kardélre a védőket, a honvédek "csak" a házak feldúlásával vezették le dühüket (a polgári lakosság nagy része az ostrom alatt elhagyta lakását és Óbudán húzódott meg). Kifosztották a királyi palota épen maradt északi szárnyát is. A védők közül kb. 4000-en estek hadifogságba. A halottak között volt a golyótól talált Hentzi és helyettese, Allnoch ezredes, aki a Lánchídon elhelyezett aknákkal együtt magát is felrobbantotta (a híd csak jelentéktelen sérülést szenvedett).
A győzelem másnapján tartott díszszemle romok előtt zajlott. A Várpalota teljes tetőzete leégett, a déli szárnyban lévő nádori lakrészek kiégtek, elpusztultak a Szent György tér nyugati oldalán állt melléképületek (istállók, kocsiszínek, az őrség épülete). A királyi palota helyreállítására - amely egyben korszerűsítést is jelentett - 1851 és 1857 között került sor. A polgárváros lakóházait 120 ezer forintos kár érte, s ennek háromszorosát szenvedte el a Víziváros, melynek házait az álrohamok éjszakáin tucatjával gyújtották fel a védők bombái. A legnagyobb áldozatot azonban az a 17 tiszt és 351 honvéd hozta, akiket ugyanezen a napon helyeztek örök nyugalomra a tabáni temetőben.