Az egyházi élet fénykora
Budán a középkorban számos egyházi rendeltetésű épület állt. A török hódoltság alatt ezekből vagy iszlám mecsetek és dzsámik lettek, vagy pedig profán célokra (raktárnak, istállónak) használták őket. A visszafoglalás után megindult a különböző szerzetesrendek versengése ezekért az épületekért, illetve telkekért.
Elsőként és legaktívabban a jezsuiták és a ferencesek léptek fel, nem egyszer egymással is összeütközésbe kerülve. A rögtön az ostrom után Budára érkezett négy jezsuita a királyi palota melletti, egykor Alamizsnás Szent Jánosról nevezett templomot vette birtokba; mint utóbb kiderült, tévedésből, mert azt hitték, ez volt a város főtemploma. (Közülük egyébként csak egy érte meg a tavaszt, az is betegen.) Mikor rájöttek a tévedésre, 1687-ben királyi rendeletet eszközöltek ki, hogy a ferencesek adják át nekik az igazi főtemplomot, a Nagyboldogasszony-templomot. Ezt ugyanis időközben - tekintettel arra, hogy a rend kiemelkedő szerepet játszott a török hódoltság alatt élő keresztények lelki gondozásában - ők kapták meg.
A jezsuita rendház főnöke még 1687-ben megkapta a királytól a "Buda város örökös plébánosa" címet, ám a város ezt vonakodott tudomásul venni. A tanács a jezsuiták Nagyboldogasszony-templomával szemben a szomszédos, a török kort viszonylag épen átvészelt Szent Miklós-templomot szerette volna plébánia rangra emelni. (Ez egykor a domonkos rendé volt; tornyának maradványai ma a Hilton Hotel falában láthatók.) A jezsuiták a vitában úgy teremtettek kész helyzetet, hogy a vetélytárs templomot lebontották, köveit pedig rendházuk építéséhez használták fel...
A város egyházi életében - 1773-as feloszlatásáig - a jezsuita rend rendelkezett a legnagyobb befolyással. Aktivitásuk megnyilvánult a más vallású bevándorlók áttérítésében, "jámbor társulatok" alapításában, és a különböző vallásos megnyilvánulások szervezésében is. Ezek között a leglátványosabbak a körmenetek voltak. Budán a katolikus egyház szokásos évi négy körmenete mellett további kilencet honosítottak meg, amelyen a város egyházi és világi előkelőségein kívül a céhek is testületileg, saját zászlóik alatt vonultak fel. Különösen kiemelkedett ezek közül a szeptember 2-ai, Buda visszafoglalásának emlékére tartott processzió, amelyen a pestiekkel együtt emlékeztek meg a felszabadítókról. A rend megszűntéig az oktatás is kizárólag a jezsuiták kezén volt Budán.
A Nagyboldogasszony-templomból kiszorított ferencesek az Úri utca végén álló Mária Magdolna-templomot kapták meg. A szomszédos telkeken építették kolostorukat közel fél évszázadon keresztül. Hasonlóan lassan haladt a karmeliták "fészekrakása" is, akik a Szent György tér mellett a jezsuiták által elhagyott egykori Szent János-templomot kapták meg 1693-ban, s csak 1734-re készült el teljesen az általuk Szent Józsefnek szentelt kolostor.
Negyedikként a jelentős földbirtokokkal rendelkező klarissza apácarend vetette meg lábát a várban. A nyolc nővér 1714-ben költözött Pozsonyból egy bérelt épületbe. Miután szabad telkeket ekkor már nem találtak, vásárlások útján jutottak ingatlanokhoz az Úri utca és az Országház utca között, ahol felépítették templomukat és rendházukat. Az utóbbi teljes kiépítése éppen akkor fejeződött be, amikor II. József feloszlatta a rendet.
Csak nevében élt viszont tovább a palotanegyed középkori Szent Zsigmond temploma, amelynek alapfalai ma a Szent György téren láthatók. A felszabadítás után helyén egy kis kápolnát építettek. Ez kétszer is leégett, illetve felrobbant a lőportoronnyal együtt az 1723-as tűzvészben. Nevét átvitték az 1760-as évek végén a palota északi szárnyában épült kápolnára (ennek bejárata a nagy udvarról, az oroszlános kapu mellett nyílt). A Szent Zsigmond-kápolnában a csillagkeresztes rendhez tartozó lelkész látta el a szolgálatot budai préposti címmel. A kápolna temetkezési helyül is szolgált. 1777 előtt a palota magasabb rangú személyzete, illetve családtagjaik leltek benne nyughelyet, a 19. században pedig a nádori család tagjait helyezték végső nyugalomra az ekkortól nádori kriptának nevezett sírboltban.
Ugyanebben az épületszárnyban helyezte el Mária Terézia 1770-ben az angolkisasszonyokat, illetve az általuk működtetett leánynevelő intézetet. A tanítórendnek azonban nem sikerült itt gyökeret ereszteni: 1777-ben Vácra költöztette őket a királynő.
A 18. században a szerzetesrendek jelenléte erőteljesen egyházias jelleget kölcsönzött a várnak, mind lakóit, mind a városképet tekintve. Ez a felvilágosult abszolutizmus idején, főleg II. József egyházpolitikai intézkedései következtében halványult el. A vallásos életet legaktívabban szervező, s az összes várbeli iskolát működtető jezsuita rendnek a megszűnése még Mária Terézia alatt, 1773-ban bekövetkezett. A többi várbeli szerzetesi közösség is csak egy évtizeddel élte túl a jezsuitákat. II. József ugyanis birodalmában feloszlatta az összes szerzetesrendet, kivéve a tanítással vagy betegápolással foglalkozókat. 1782 és 1786 között egymás után erre a sorsra jutottak a budaiak is. Épületeiket a Pozsonyból ideköltöző kormányhatóságok kapták meg. A négy templom közül csak kettő, a Nagyboldogasszony- és a Mária Magdolna-templom maradt meg eredeti rendeltetésében. A karmelitákéból színház lett (Várszínház), kolostorukból pedig a társas élet helyszínéül szolgáló kaszinó. A klarisszák templomának tornyát lebontották, belsejét pedig szintekre osztva hivatali helyiségekké alakították.
A katolicizmus pozícióinak valamelyes gyengüléséről árulkodik az is, hogy a kormányhatóságok idehelyezése után megjelent Budán a szabadkőműves szervezkedés. A kormányszervekkel együtt költözött ide az "Első ártatlansághoz" és a "Hallgatagsághoz" címzett páholy, amelyeknek tagsága kormánytisztviselők mellett ügyvédekből és megyei tisztviselőkből, azaz túlnyomórészt a nemességből verbuválódott; városi polgár alig akadt közöttük. A felvilágosodás előőrseinek számító szervezeteket azonban a 18. század végén, a francia forradalom ellenhatásaként kibontakozó konzervatív abszolutizmus felszámolta.
Egy másik apró repedést jelentett a vár egységes katolikus jellegén, hogy 1844-ben megalakult a budai evangélikus egyházközség. A protestánsok megjelenése szintén a kormányhivatalok ideköltözésével, illetve II. József vallási tolerancia-rendeletével kezdődött, de pozícióik megerősödésében fontos szerepet játszottak József nádor protestáns feleségei is. Tulajdonképpen Mária Dorottya "házi kápolnájaként" épült a Szent György téren az első kis evangélikus templom, amelyet a 19. század végén a Bécsi kapu térre helyeztek át.
Bár II. József intézkedései megrendítették a katolikus egyház pozícióit, a 19. században pedig fokozatosan elvesztette államegyház jellegét, azért továbbra is sokat megőrzött világi befolyásából is. Püspökei, sőt, maga a magyarországi egyház élén álló, várbeli palotával rendelkező esztergomi érsek is közreműködött azokon a nagy állami eseményeken (augusztus 20-i állami ünnep, koronázások), amelyeknek fő helyszíne egészen 1945-ig a vár maradt.