Szabad királyi város
Az 1686-ban újraéledő város első gazdája a hadsereg volt, amelyet a várparancsnok képviselt. A katonák rendelkeztek a kevéske városi jövedelemmel, ők indították meg az újjáépítést és tettek igazságot az első telepesek között. Szinte a hadsereg nyomában megjelentek azonban a polgári hatóságok is, Werlein István Jánosnak, a bécsi udvari kamara küldöttének a személyében, aki megszervezte a budai kamarai adminisztrációt. Az új hivatal az újonnan meghódított város minden birtokát s az abból származó minden jövedelmet a kincstárénak nyilvánított, s a kamarai igazgató lett a város közigazgatási és bírói hatósága. A polgári (kamarai) és a katonai hatóságok hatalmi versengése azonban még csaknem két évtizedig zajlott a város feletti rendelkezésért. Hamarosan megjelent azonban a porondon egy harmadik tényező: a budai polgárság, amely szerette volna saját kezébe venni ügyei intézését.
A városi szervezet kiépítése egy évvel az ostrom után megkezdődött, egyelőre a kamarai igazgató gyámsága alatt. 1687. szeptember 27-én az első telepesek letették a polgáresküt Werlein előtt, aki kinevezte az első elöljárókat, a polgármestert és a tanácsosokat. Buda első polgármestere Prenner Farkas András császári kapitány lett, akit azonban nemsokára elvezényeltek, s helyére Salgari Péter postamester lépett.
Az 1687-es országgyűlésre már meghívták Buda és a vele együtt újjáéledő Pest követeit is. A Budát képviselő újdonsült polgármester itt tudta meg, milyen kiemelkedő gazdasági és jogi helyzetet élvezett a középkori Buda, s milyen kedvező körülményeket biztosítana a fejlődéshez a régi jogállás visszaszerzése. Még ebben az évben kérték az uralkodótól a régi szabad királyi városi kiváltság visszaadását. A kamara azonban természetesen hallani sem akart a hódítás jogán szerzett terület - és főleg az ígéretes jövedelmek - kiengedéséről hatósága alól. Ezzel kezdetét vette egy hosszú küzdelem a középkori jogállás visszaszerzéséért, amelyet a budaiak Pesttel szoros szövetségben vívtak, sőt, a döntő szakaszban még két nagy múltú, szintén frissen felszabadult várossal: Székesfehérvárral és Esztergommal bővült a szövetség. Az önkormányzatért vívott küzdelmet a tanácsot alkotó jómódú német iparosok és kereskedők vezették a kisszámú értelmiségi segítségével. Ők természetesen a maguk számára igyekeztek biztosítani a város vezetését, s ebben rendszeresen szövetségesre találtak a kamarai adminisztrációval rivalizáló katonai parancsnokban. Számíthatott a város törekvéseinek méltánylására Bécsben is. Míg a kamara helyi szerve inkább csak a pillanatnyilag kipréselhető jövedelmekre koncentrált, addig a központban - nagyobb távlatokban gondolkodva - több hasznot reméltek egy erős és gazdag városból. Ennek jegyében kapott Buda több ízben is néhány éves adómentességet, s terjesztették ki lépésről lépésre önkormányzatát. 1688-tól a polgárok már maguk választották polgármesterüket, s haladt az igazgatás szakszerűsítése is. A tanácsban a szindikus képviselte a jogi szakértelmet (ő kulcsszerepet játszott a szabad királyi városi privilégiumért vívott küzdelemben), egy kereskedőre bízták a város pénzügyeinek kezelését, létrehoztak egy kisszámú karhatalmat (strázsamesterrel, kapuőrökkel, börtönőrrel), az egyes városrészekbe ún. fertálymestereket neveztek ki. Szívósan küzdött a város a lakosai fölötti bíráskodás jogának elismertetéséért is, mígnem 1699-ben felállíthatta végre a vérhatalmát jelképező akasztófát. A 18. század elején az egyre gyarapodó lélekszámú és gazdasági erejében növekvő Budát és Pestet egyre kevésbé lehetett egyszerű kamarai birtokként kezelni.
A török elleni háborúk alatt eladósodott birodalmat ekkoriban a spanyol örökösödési háború tette újabb próbára. A háborús szükségletek miatt az országot valósággal kifosztották (lényegében az volt a közvetlen kiváltója az 1703-ban kirobbant Rákóczi-szabadságharcnak). A kíméletlen adóztatás természetesen nem kímélte Budát sem: egy 1701-es kamarai vizsgálat mindössze 50 krajcárt talált pénztárában!
Éppen a birodalom szorult helyzete hozta meg a szabadulás lehetőségét. Buda, Pest, Székesfehérvár és Esztergom 1703 tavaszán megalkudott a bécsi kamarával, hogy 20 ezer forintot fizetnek "fegyverváltság" címén, s cserébe visszanyerik egykori jogaikat. Az összegből a legnagyobb részt, 8600 forintot Buda vállalta magára, természetesen kölcsönből. A város privilégiumlevelét 1703. október 23-án írta alá I. Lipót (Pestével egyidejűleg, s lényegében azonos szöveggel). A két kiváltságlevél később más magyar városok hasonló okmányának mintájává is vált.
A privilégium a régi jog feléledésének címén helyezte vissza Buda polgárait a törvény és a szokásjog szerint járó minden szabadságukba. Biztosította a városnak az országgyűlési részvétel jogát, a földesúri jogok (pl. bormérés) gyakorlatát, a határ szabad kiaknázását (legeltetés, halászat, vadászat, erdőhasználat), a vásártartást, a helyi jogszabályok alkotását, és az igazságszolgáltatás teljes jogkörét lakosaik fölött, beleértve a pallosjogot is. Megkapta a város a szabad polgármester-, illetve tanácsválasztás jogát is, s a katonai és kamarai szerveket pedig határozottan eltiltotta attól, hogy a város ügyeibe avatkozzanak.
A kiváltságlevélben biztosított jogok a Rákóczi-szabadságharc zavaros viszonyai között nem sokat jövedelmeztek. Sőt, a háborús terhek és a fegyverváltságra felvett kölcsön kamatai a romlás szélére sodorták a várost, amely 1711-re teljesen eladósodott. Az elkeserítő helyzet ellenére Buda nem állt a felkelés mellé. Végig a császári hadsereg egyik legbiztosabb bázisa maradt, megbízható német és rác lakosságának köszönhetően. A felkelő kurucok portyázó csapatai csak a város határába ütöttek be 1705 májusában, amikor mintegy 400, a szőlőkben és a mezőkön dolgozó budait öltek meg, az állatokat pedig elhajtották. Császárhűsége jutalmául Buda 1711 augusztusában a régensként uralkodó özvegy császárnétól, Eleonórától újabb kiváltságlevelet kapott, amely megerősítette az 1703-ban elnyert jogokat, sőt, még határozottabban biztosította a város önállóságát a katonai parancsnokkal szemben. Az önkormányzat lehetősége tulajdonképpen ekkor, a Rákóczi- szabadságharc bukásával vált valósággá.
Az immár teljes jogú szabad királyi városban azonban évtizedekig nem köszöntött be a belső béke. A vezetést kisajátító szűk csoport ugyanis szinte saját tulajdonaként bánt a város javaival, s a polgárok túlnyomó többségének semmilyen beleszólást nem engedett az önkormányzatba. Évtizedekig tartó pártharcok során az 1740-es évek elejére alakult ki a városi önkormányzat végleges szerkezete. A zűrzavaros viszonyokban többször is a kormányhatóságok próbáltak rendet teremteni: az igazgatás tekintetében a Helytartótanács, a gazdálkodás terén a Királyi Kamara hatósága alá tartozott a város.
A közigazgatás, a bíráskodás és a gazdálkodás mindennapi feladatait a magisztrátus látta el, élén a polgármesterrel és a városbíróval. A tanácsnokokat egyre több szakhivatal segítette: a kancellária biztosította a jogi szakértelmet, a kamarai hivatal gazdálkodott a város jövedelmeivel, ezt pedig a számvevőség ellenőrizte. Az idők folyamán külön hivatallá szerveződött az eredetileg egy-egy tanácsnok által intézett telekkönyv-vezetés, árvaügy vagy adóbeszedés is. Viszonylag későn, az 1780-as években összpontosították a rendfenntartó feladatokat a városkapitány hivatalában. Egyre több szakember állt a város szolgálatában: tisztiorvos, bábák, kórházgondnok, rendőrbiztos, kapuőrök, éjjeli őrök, darabontok, tanítók, muzsikusok és természetesen hóhér is.
A magisztrátus működését, különösen a gazdálkodását, a kommunitás ellenőrizte. Ez két testületből állt: a 24 fős külső tanácsból, illetve választópolgárságból (utóbbit a céhek képviselői és a külvárosok elöljárói alkották). A kommunitást a szószóló képviselte a magisztrátussal szemben. Ez az önkormányzatiság persze igen messze állt a mai demokratikus normáktól: a magisztrátus 12 tanácsnokát életük végéig választotta a kommmunitás, csak a polgármestert és a bírót kellett kétévenként újraválasztani közülük. A kommunitás sem választással jött létre, hanem önmagát egészítette ki szükség esetén új tagokkal. A város vezetését tehát legfeljebb 100-120 polgár sajátította ki, a túlnyomó többség arra semmilyen befolyással nem rendelkezett.
A rendi országgyűlésre küldött követek megválasztásába sem volt beleszólása a polgárságnak, azt is maguk között döntötték el a tanácsbeliek. Buda ugyanis a felszabadulás után rögtön visszanyerte részvételi jogát, s azt a szabad királyi városi rang elnyerése után külön törvénnyel is megerősítették. Sőt, még azt is sikerült elérni, hogy a városok sorában az első helyet biztosítsák a régi fővárosnak. Ennek ellenére követei nem igen jutottak szóhoz az országos közélet színpadán a nemesség mellett.
Nagyobb sikerrel működtek Buda képviselői a szabad királyi városok közös felsőbíróságán, a tárnoki széken, ahol szintén az első hely illette meg őket. A bíróságnak nem volt ugyan állandó székhelye, de Buda tekintélyét jelzi, hogy levéltárát itt helyezték el, s 1748-tól kezdve üléseit mind gyakrabban tartotta valamelyik vízivárosi fogadóban vagy a budai városházán.
Budának a 18. században nem volt a középkorihoz hasonló jogkönyve. A bíráskodási gyakorlatban a római, az osztrák és a német jogot, illetve a magyar jogszokásokat meglehetősen eklektikusan alkalmazták. A tendencia mindenesetre az utóbbi térhódítása volt az idegen joggyakorlattal szemben.